Benzalkoniumchlorid wirkt gegen Bakterien, Pilze, Hefen und Algen und in geringem Maße auch antiviral. Es ist in vielen Desinfektionsmitteln und auch Reinigungsmitteln bekannter Hersteller, Bsp. Sagrotan enthalten. Es wird auch in Halstabletten, zur Prophylaxe von Fußpilz, zur lokalen Empfängnisverhütung und in niedriger Konzentration zur Konservierung von Nasen- und Augentropfen verwendet. Es ist auch Bestandteil vieler Algizide, z.B. für Schwimmbäder.[4]
Bemerkenswert ist neuerdings der Einsatz als Desinfektionsmittel für Kleidung und Stoffe, auch zur Verwendung durch den Endverbraucher.
Benzalkoniumchlorid verringert die Stabilität des Tränenfilms und kann bei lang andauernder Anwendung selbst ein trockenes Auge verursachen. Es greift die Hornhaut des Auges bis in die tieferen Zellschichten hinein an und kann zu erheblichen Hornhautschäden führen. Gelegentlich treten durch Benzalkoniumchlorid Allergien auf. Wenn eine mit Benzalkoniumchlorid konservierte Tränenersatzflüssigkeit ins Auge getropft wird und einige Zeit danach Augentropfen mit einem anderen Arzneimittel, kann dieser Wirkstoff schneller und tiefer in die Hornhaut eindringen als sonst. Auf diese Weise kann Benzalkoniumchlorid diese Substanz stärker wirken lassen, und auch ihre unerwünschten Wirkungen können verstärkt auftreten.
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